四川大学生物工程专业在集成原轻纺与食品学院轻工生物技术与原化学工程学院的生物工程专业本科教学优势资源的基础，拟通过多学科交叉确定的该专业的两个特色专业方向，分别是轻工生物技术和生物化工与制药方向。轻工生物技术方向的专业课程与实践教学在轻纺与食品学院实施，生物化工与制药方向，在化学工程学院实施。我院的生物工程轻工生物技术方向通过生物化学、微生物学、生化分离工程、生化反应工程、发酵工程原理、分子生物学、基因工程、蛋白质与酶工程等课程的学习，使学生系统掌握生物工程领域的知识及分析复杂工程问题与产品开发的方法和技能。在本科高年学生提供参与教师科研活动的机会，使学生在应用系统生物学、代谢调控等先端生物技术的能力获得进一步的体系，提升学生从事科研、工程设计和生产工艺的管理能力。毕业时能胜任在生物工程、轻化工程、食品及环境保护等领域的技术开发、工艺管理及工程设计等工作。